入學管道有推薦甄選與筆試入學。考生可依其專長選擇筆試科目：
甲組：工程數學、工程力學、英文
乙組：工程數學、自動控制、英文
細節與簡章詳見頁底的相關連結。

本所碩士班研究生依其研究領域必須選修相關課程24學分及專題討論，並完成論文一篇，通過論文口試後使能畢業，修業年限2~4年。

開授的課程有機械、電機領域的學科，以及跨領域的生醫工程，如有限元素分析、振動學、類比訊號處理、類神經網路、生物感測器、生物產品品質量測、生物系統環控工程、生物分子操作、生物微奈米概論等。