配合本校生命科學院以「健康」為目的之發展主軸，朝「健康的身體」、「健康的生活」與「健康的環境」的發展方向，微生物與免疫學系建立醫藥微生物學、人體生理學、免疫學、應用微生物學與分子微生物學之學習、研究、開發之健全學習環境，提供學生完整之學習生涯規劃。可使微生物免疫相關之生物技術產業未來發展空間更為寬廣，更能彰顯創設本系之發展方向與重點。

微生物與免疫學系大學部課程規劃專業核心必修科目涵蓋普通化學、普通化學實驗、生物學、生物學實驗、微積分、物理學、物理學實驗、有機化學、有機化學實驗、微生物學、微生物學實驗、細菌學、分析化學、分析化學實驗、生物化學、生物化學實驗、天然活性物質、天然活性物質實驗、微生物遺傳學、病毒學、人體生理學、生理學實驗、分子生物學、分子生物學實驗、免疫學、免疫學實驗、微生物生理學、疾病與免疫、細胞生物學、細胞生物學實驗、藥理學、儀器分析等素養。

微生物與免疫學系著重實驗課程之規劃，期望養成學生兼顧理論與應用之平衡發展特色。例如普通化學、生物學、物理學、有機化學、微生物學、分析化學、生物化學、天然活性物質、生理學、分子生物學、免疫學以及細胞生物學等科目，都配合科目講授安排實驗課程，養成學用兼備之優秀學生。

配合微生物與免疫學系以微生物學、免疫學、生物醫學、天然物化學等領域之發展，開設選修科目例如應用微生物導論、動物生理學、基礎醫學導論、遺傳學、微生物與生物科技、實驗動物學、細胞組織培養技術、分子生物學、細胞組織培養技術實驗、臨床生物化學、臨床生物化學實驗、臨床實驗診斷(上、下)、臨床實驗診斷實習(上、下)、疾病與病毒、生物統計學、生物醫藥產業趨勢、生物技術及實驗、分子檢驗技術、藥用微生物學、專題討論、生命科學專題研究、生理學專論、生物資訊、細胞內訊息傳遞、血液學、真菌學、寄生蟲學、有機合成藥物及活性分析(含實習)、疫苗技術、基礎生物技術及實習、工業微生物學、環境微生物學、病理學概論、微生物生理及醱酵製藥(含實驗)、微生物生態學、流行病學、生物技術法規等供其選讀，使課程具有良好的銜接性。

微生物與免疫學系亦加強專業科目實習環境等相關資訊，與雲嘉南地區教學醫院合作提供臨床實驗診斷及實習，並擬與產業界合作開設生技專題研究課程，提供學生未來學習生涯及就業規劃之預備。

順應世界生物醫藥學發展研究之趨勢，世界各先進國家投入人類生命科學有關領域之研究所及私人研究室比比皆是，莫不汲汲投入生物醫藥之研究開發，尤以專利控制未來生物醫學之發展，各國皆將之列為重要研究智慧資產而極力保護。生物醫藥科學研究所積極培育天然物化學、應用微生物、生物醫藥相關科技之人才，從而帶動本土特有生物藥學之學術發展。並以開發天然藥物資源、評估藥物之生理活性療效、培育高科技應用微生物、中草藥生物技術人才為教育目標。

為因應學術界及21世紀產業的發展趨勢，微生物與免疫學系/生物醫藥科學研究所現有專任教師13位，以分子生物技術，結合微生物學、免疫學及人體生理學的師資與研究資源，以中草藥活性成分分離純化、結構鑑定與分析、抗氧化及抗癌藥物之合成、基因表現調節與細胞訊息傳遞、藥物作用機轉探討、免疫調節研究、醫用病毒、分子檢驗技術、發炎機轉探討、食藥用微生物篩選及醱酵量產、藥物活性分析技術、環境微生物等為研究重點。