本系課程主要區分為基礎的生物學程、應用的水產養殖學程、以及遺傳與生化等生物技術學程。教學內容涵蓋水產相關各領域，除魚蝦貝類、觀賞魚類等之繁養殖技術與健康管理外，也包括水產資源保育、魚類飼料與餌料之開發研究、養殖水產品之利用與經濟學、水族環境檢測技術、水產生物技術等。