本系碩專班（原名：「食品科學暨生物藥學研究所碩士在職專班」Graduate Institute of Food and Biopharmaceutical Sciences, Master Program (Extension Division)）成立的目標，無論是在教育或研究方面，均以促進國家科技的進步及增進國人健康福祉為主旨。成立「食品科學暨生物藥學研究所碩士在職專班」的目標包括：

（一）因應當今及未來，國家社會對健康生活品質之需求，從而積極參與食品生技與健 康食品科技的研發，並以其成果回饋國人。
（二）配合教育部的整體教育規劃和學校的中長程發展計畫；呼應教育部的「回流教育」、「自我訓練」、及「終身學習」的政策。
（三）嚴格而細心的培育專精食品科學暨生物藥學，在第一線參與學術研究極具有研發與生產能力的高級知識與領導人才。
（四）建立產官學與各地產業界之合作關係，積極投入保健食品生技產品之研發。