配合本校生命科學院以「健康」為目的之發展主軸，朝「健康的身體」、「健康的生活」與「健康的環境」的發展方向，本系大學部教學目標在培育微生物、免疫、生物醫學及生物藥學方面研究及產業發展所需之人才，課程規劃以使學生具有堅實的生物與化學基礎知識、微生物、免疫與細胞生物基礎研究及醫藥生技產品開發及生產之應用技術為主要目的。在基礎與應用、知識與技術並重的教學訓練，奠定學生在微生物與細胞生物學基礎研究及生物醫藥產業界發展的基礎與競爭力。教人類仍將面臨各種慢性疾病、傳染病、免疫相關疾病及老化之威脅，本系碩士所推動以生物醫學基礎，積極尋求具機能保健功能生物成分之藥物開發、微生物與免疫的研究及應用體系，培育以天然藥物開發、藥物之細胞及免疫功能性評估與微生物應用的生物技術人才為教育目標，推動本土特有生物藥學之學術發展。在臨床上積極與雲嘉地區醫院合作進行醫學研究，並與鄰近生技產業合作，推動以天然藥物開發(含其在癌症、心血管疾病及抗氧化功能的功能性評估)，老人免疫及生質能源等為主的產學研究。本碩士班培育學生至少具備微生物、免疫、生物醫學及生物藥學四種領域中一種以上專長，並能學得專利智慧資產保護，在畢業後能從事基礎醫學研究、天然藥物產品開發及功能性評估的科技人才。

    本系大學部課程規劃專業核心必修科目涵蓋普通化學、普通化學實驗、生物學、生物學實驗、微積分、物理學、物理學實驗、有機化學、有機化學實驗、微生物學、微生物學實驗、細菌學、分析化學、分析化學實驗、生物化學、生物化學實驗、天然活性物質、天然活性物質實驗、微生物遺傳學、病毒學、人體生理學、生理學實驗、分子生物學、分子生物學實驗、免疫學、免疫學實驗、微生物生理學、疾病與免疫、細胞生物學、細胞生物學實驗、藥理學、儀器分析等素養。微生物免疫與生物藥學系著重實驗課程之規劃，期望養成學生兼顧理論與應用之平衡發展特色。例如普通化學、生物學、物理學、有機化學、微生物學、分析化學、生物化學、天然活性物質、生理學、分子生物學、免疫學以及細胞生物學等科目，都配合科目講授安排實驗課程，養成學用兼備之優秀學生。為配合專長的進修，開設選修科目例如應用微生物導論、動物生理學、基礎醫學導論、遺傳學、微生物與生物科技、實驗動物學、細胞組織培養技術、分子生物學、細胞組織培養技術實驗、臨床生物化學、臨床生物化學實驗、臨床實驗診斷(上、下)、臨床實驗診斷實習(上、下)、疾病與病毒、生物統計學、生物醫藥產業趨勢、生物技術及實驗、分子檢驗技術、藥用微生物學、專題討論、生命科學專題研究、生理學專論、生物資訊、細胞內訊息傳遞、血液學、真菌學、寄生蟲學、有機合成藥物及活性分析(含實習)、疫苗技術、基礎生物技術及實習、工業微生物學、環境微生物學、病理學概論、微生物生理及醱酵製藥(含實驗)、微生物生態學、流行病學、生物技術法規等供其選讀，使課程具有良好的銜接性。