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本系所畢業生除可選擇進入國內外相關研究所繼續修讀博、碩士學位或進入研究機構從事研究工作外。亦可報考結構、土木、水利、水保、測量、大地等相關之技師執照，增加就業競爭力，或參加高普考進入工程公務機關如水利署、營建署、公路局、高鐵局、水利會及縣市政府工務單位服務。另外也可進入工程顧問公司及其他相關行業從事土木水利工程開發建設之規劃設計工作，為提昇國家經建發展及全民褔祉貢獻所學之力量。
除了畢業生就業市場開拓外，本系在研究發展上亦將積極推展，並推動成立國土保育及災害防治中心，同時擴充高精密度、高科技類之設備，提供檢測工程品質之需求，另需加強師資陣容，以便申請設置博士班擴大國際間學術交流。

水土資源保育與防災科技：專研水資源分析、洪災研究、土石流防治、坡地工程、環境生態工程等水土資源調查、保育利用及災害對策研擬之教學與研究工作。
公共工程研究：超微材料研發、材料行為分析、檢測技術、大地工程、營建自動化與管理、工程品質管制策略之學理教學研究並提供區域性人才之培訓、教學與諮詣服務。
河海水力工程：專研集水區與河川水理、水文、海岸水力、計算流力之學理分析及河川規劃、海岸防護、河口整治之應用研究。