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土木與水資源工程與人民福祉及國家經濟發展有密不可分之關係，為能提升國家整體競爭力及創造民更舒適之生活環境，加速培育土木與水資源工程領域高級知識與技術人力之乃為大學院校迫切之使命，本系所之成立為相關領域培訓更多優秀人才服務社會。另外雲嘉地區無相關系所肩負此一領域之教學研究工作，而區域性之業界與政府單位也急須有相關系所提供專業學理之諮詢服務與現地工程人員專業知識與技能之再進修，本系所之設立宗旨除養成具土木與水資源工程學專業學理與實務技能之高級人才，為國家之經建開發培育專業科技工程人才外，也以培育兼具人文氣息、科技環保、謙恭有禮、服務熱誠及系所認同之學生為重要之教育理念。

因應政府大力推動各項公共工程建設、提昇工程品質，克服水旱災對民生及經濟帶來之衝擊，亟需培育土木與水資源工程人才，以適應國建及社會發展需求。
台灣地區地理環境與水資源條件不佳，做好環境保育，以維護充足的水源並且提供優良水質以改善人民生活乃極為重要工作，土木與水資源方面之技術，不僅為當前需要且為國家社會持續永久不可或缺，應積極培育人才，以資配合
培育工程品質與水資源經營管理人才，以提昇工程品質與施工績效。