配合本校整併宗旨以「光耀嘉義，揚名全國，躋身國際」發展成為一所具有國際水準的綜合大學為指標，其整體發展計畫之目標如下：

一、營造充滿關懷、溫馨、安全、和諧具有人性化與新希望的校園。

二、建構科技化、資訊化的校園，提高教學品質。

三、開放參與營造有效率的校務運作功能。

四、發展與充實學生多元知能，具備挑戰能耐與競爭力。

五、追求卓越、多元與創新，倡導學術責任，展現高等學府新風貌。

六、爭取校友認同支持，增進社區服務。

七、加強學術交流與合作，躋身國際殿堂。

　　上述之外，本系之設立以培育優秀的臨床獸醫師與獸醫科技人才，致力於獸醫基礎醫學、動物疫病之診治、疫情監控之研究，強化動物疫病之防治能力，增進動物及人類之福祉為目標。

    除配合國家經濟建設，培育優秀的動物醫學科技研究人才，亦結合雲嘉南地區是畜牧業重鎮以飼養經濟動物為主的特點，加強動物重要疾病之預防、診斷及控制的研究，尤其疾病的快速診斷及人畜共通傳染病公共衛生方面的研究，致力於動物產品藥物殘留檢驗方法的研究，強化藥物殘留之監控，加強海外重大傳染病、流行病學及致病機制的研究，以協助防疫機關遏止海外重大傳染病的侵入等。因此，本系所設立宗旨及教育目標與校務發展計畫完全契合。