系館一樓	動物醫院、雲嘉南動物疾病診斷中心辦公室、視聽教室、解剖教室、切片室
系館二樓	大一教室、大二教室、微生物暨公共衛生學實習教室、研究生教室、獸醫師辦公室、外科實習教室、系辦公室
系館三樓	獸醫學院辦公室、大三教室、大四教室、生理暨藥理學實習教室、組織暨病理學實習教室、教師研究室、教師研究實驗室
系館四樓	共同儀器室、教師研究室、教師研究實驗室
系館五樓	雲嘉南動物疾病診斷中心實驗室、中央畜產會嘉南檢驗室、教師研究室、教師研究實驗室、獸醫師辦公室