奉准增設生物機電工程研究所碩士班、運輸與物流工程研究所碩士班。
九十年八月
校務會議通過科學教育研究所碩士班、數學教育研究所碩士班歸屬本校教育學院。
九十一年八月
奉准增設土木與水資源工程研究所碩士班、資訊工程學系。
九十二年八月
由生物機電工程學系教授艾 群博士，續任理工學院第二任院長。
九十二年八月
奉准增設應用化學研究所碩士班、光電暨固態電子研究所碩士班。
九十三年八月
奉准增設應用數學研究所碩士班。
九十五年六月
奉准增設應用化學系博士班，九十六學年度開始招生。
九十五年七月三十一日
第二任院長艾群博士卸任。
九十五年八月一日至三十一日
由生物機電工程學系艾群教授代理院長。
九十五年九月一日
由中興大學理學院化學系教授曾志明博士接任理工學院第三任院長。
九十六年八月一日
應用化學系博士班，開始招生。
九十六年十月十五日
奉准增設資訊工程學系博士班。
九十七年八月一日
資訊工程學系博士班，九十七年八月一日開始招生。
九十七年八月一日
電機工程學系，九十七年八月一日開始招生。
九十七年八月一日
由資訊工程學系柯建全教授接任理工學院第四任院長。
九十八年八月一日
校務會議通過運輸與物流工程研究所改歸屬本校管理學院。
九十九年八月一日
應用物理學系/所更名為電子物理學系/所。
一百年八月一日
機械與能源工程學系，一百年八月一日開始招生。
資訊工程學系柯建全教授續任理工學院第五任院長。
一百零二年八月一日
由生物機電工程學系洪滉祐教授接任理工學院第六任院長。
一百零五年八月一日
生物機電工程學系洪滉祐教授續任理工學院第七任院長。
一百零六年八月一日
由資訊工程學系章定遠教授接任理工學院第八任院長。