臺灣農業近十年來快速轉型，並且引入多元思維與技術，發展出各種不同的精緻化型態。不論是科技農業、有機農業、魚菜共生及光電農法等，現代化農業之得以建構，不少成就必須歸功於作物栽培技術的科學化研究。農業顯然不再是粗放，而是有一種另類的精密，時代趨勢驗證了植物醫學系的重要性。

一路跌宕艱難的創系之路

    本校身為臺灣農業的教育先驅，自日治時代臺灣公立嘉義農林學校發展迄今，1987年於嘉義農業專科學校時期成立了「植物保護科」，由今日來看當時的思慮可謂深遠。

    1997年在升格技術學院的聲浪下，嘉義農業專科學校改制為嘉義技術學院，而植物保護科也順勢發展成為植物保護系。2000年嘉義技術學院及嘉義師範學院兩校合併成為嘉義大學，由於嘉義技術學院長久專注農業教育，農業相關學系所群相對龐大，經考量校方決定把「植物保護系」與最後成立的「水產養殖學系」納入新成立的生命科學院，並整併「植物保護系」師資，更名為「生物資源學系」。

    彼時，農業發展條例修正通過，各界高喊「知識農業」口號，臺灣正值一波農業轉型，而本校植物保護系不得已整併更名，對推動新農業是不小的打擊。臺灣四所歷史悠久的農業院校（臺灣大學、中興大學、嘉義大學及屏東科技大學），唯獨本校在培育植物保護人才的學系缺席，儘管屢次提出恢復申請，但始終未能如願。在屢次受挫的過程中，經師長前輩提點，若以棋局來比喻這場硬仗，與其老是高喊「將軍」，卻無法畢竟其功，不如先綜觀佈局全場。

    首先在校方的首肯下，由生命科學院與農學院以跨領域合作方式，申請教育部「前瞻性農業技術人才培育計畫」，而由生物資源系推動「植物醫學學程」，在艱困的師資下，與農業界各領域專家建立良好的產學互動，培育具實務經驗的植物醫學人才。同一時期也協助本校昆蟲資源館，在渡過艱困的經營草創期時，轉化館內昆蟲教學資源成為培養植物醫師人才的場域。「植物醫學學程」逐漸受到注目，為恢復學系帶來一線曙光。

打造理論落地的實務式教學

    隨著動植物防疫檢疫局推動植物醫師專法及規劃「教育」、「考試」、「任用」的專業證照制度，植物醫學領域逐漸引起大學教育界的關注。屏東科技大學在原有植物保護系的基礎下，率先成立植物保護研究所(2000年)，其後又改名為植物醫學系（2008年），臺灣大學則成立植物醫學研究所（2011年），在趨勢下，本校能否成立植物醫學系的動向也備受關注。

    在產官學界共同推動植物醫師制度及「植醫四校」的期待下，顯示出恢復植物保護系的時機已成熟。有幸在當時校方的大力支持，以及動植物防疫檢疫局與時任行政院農業委員會科技處處長葉瑩博士的奔走遊說下，恢復學系的提案終於獲得農學院老師的支持，2012年正式成立四年制的「植物醫學系」，並回歸隸屬農學院的懷抱。

    植物醫學系的創立之路走來波折，但也獲得塞翁之福。全新成立的學系沒有包袱，專心朝向「配合國家政策培養具有田間診療實務經驗人才」的目標，招聘各領域優秀具實務經驗專家擔任師資，成員包括亞洲蔬菜研究發展中心的植物病理學專家、農業改良場的蟲害專家及香蕉研究所的專家等，各自具備田間實務經驗或輔導國際農業發展的經驗，並以實習跑臺、田野教學、農場實習、田間實作、農友講習及田間現場診療等，結合理論與實務的教學方法，訓練植物醫學系學生的專業實力。

    堅強陣容激發出有利植物醫學系所的教學與研究能量，自2012年至2016年短短4年，植物醫學系的績效評鑑即從全校排名第37躍升到第1名。在本系教師及農學院師長共同努力下，植物醫學系可說進度超前，邁入了植物醫學研究所的新階段。